Identification des gènes pour le risque de cancer de la prostate

Pour les hommes aux États-Unis, le cancer de la prostate est le plus fréquent de tous les cancers et le deuxième plus fréquent pour les décès dus au cancer. Bien que le cancer de la prostate puisse être causé par divers facteurs, notamment les méthodes de dépistage, les habitudes alimentaires et les comportements liés à la santé, les pratiques cliniques et les facteurs de risque environnementaux, d’importantes recherches font également état de la génétique.

Des études d’association à l’échelle du génome multiple (GWAS) ont été réalisées récemment, qui ont donné lieu à de nombreux polymorphismes mononucléotidiques (SNP). Cependant, ces études présentent plusieurs problèmes clés, notamment: Le gène cible du SNP (ou SNP causal) souvent inconnu

Le SNP causal est inconnu (très probablement dans le déséquilibre de liaison avec le SNP de risque mesuré)

La conséquence fonctionnelle du SNP causal est inconnue. Une stratégie fréquemment utilisée pour résoudre ces problèmes implique l’utilisation de l’expression génique vérifier les informations. Les loci qui contrôlent le niveau d’expression des transcrits d’ARNm individuels, appelés locus de caractères quantitatifs d’expression (eQTL), peuvent être identifiés globalement en comparant l’expression génomique de SNP et d’ARNm génomique sur un ensemble commun d’échantillons.

Steven Thibodeau, Ph.D.

Les chercheurs de la Mayo Clinic, premier auteur, Steven Thibodeau, ont établi et utilisé un ensemble de données eQTL spécifique à un tissu prostatique normal pour cibler et analyser l’association des SNP à risque de cancer de la prostate et de leurs SNP avec les niveaux d’expression génique. Le but de l’étude, publiée dans Nature Communications, était d’identifier les gènes cibles potentiels pour chacun des SNP à risque de cancer de la prostate et de cartographier finement le signal eQTL avec un ensemble dense de SNP pour chacun des gènes cibles identifiés.

Sur les 100 intervalles de risque de cancer de la prostate étudiés, 51 ont démontré un signal eQTL significatif et ceux-ci sont associés à 88 gènes cibles. Ces gènes peuvent maintenant être priorisés pour une étude future en tant que gènes candidats de susceptibilité au cancer de la prostate. Cependant, d’autres études seront nécessaires pour identifier ces gènes parmi les 88 qui sont réellement impliqués dans le risque de cancer de la prostate et pour définir leur mécanisme d’action.