Une étude prospective en milieu hospitalier sur l’incidence clinique de l’infection par le coronavirus humain non liée au SRAS non liée au SRAS

Contexte En plus des coronavirus humains HCoVs OC et E, connus depuis des décennies pour provoquer des infections chez l’homme, de nouveaux membres de ce genre ont récemment été identifiés: HCoVs NL et HKU Leur impact en tant que cause de maladie des voies respiratoires chez les adultes à Nous avons évalué prospectivement l’impact clinique de l’infection à coronavirus à l’exclusion des cas de syndrome respiratoire aigu sévère chez les adultes hospitalisés. Tous les patients atteints d’une maladie respiratoire pour laquelle un lavage broncho-alvéolaire a été réalisé ont été sélectionnés par réaction de polymérase-transcriptase inverse. tous HCoVsResults HCoV a été identifié en% des échantillons de liquide de lavage broncho-alvéolaire des sujets âge moyen, années; % isolats de HCoV OC ont été identifiés le plus fréquemment, suivis des isolats E, des isolats NL et des isolats HKU En tout,% des échantillons de liquide de lavage bronchoalvéolaire étaient négatifs pour les bactéries, et les personnes étaient co-infectées avec d’autres virus respiratoires. Parmi les patients qui avaient identifié HCoV dans leurs échantillons de liquide de lavage bronchoalvéolaire,% ont été hospitalisés dans l’unité de soins intensifs,% présenté à l’hôpital avec des symptômes respiratoires aigus,% présenté avec toux et / ou crachats,% présenté avec dyspnée,% avaient Le diagnostic final le plus fréquent était une infection des voies respiratoires inférieures. Conclusions Les HCoV NL et HKU récemment découverts contribuent significativement au spectre global de l’infection par le coronavirus. Notre étude suggère également que les coronavirus contribuent à l’infection respiratoire. aux symptômes respiratoires dans la plupart des cas

Les coronavirus humains Les HCoV sont reconnus comme l’une des causes les plus fréquentes des rhumes et des infections des voies respiratoires supérieures, après les rhinovirus, chez les adultes Chez les adultes immunocompétents, la plupart de ces maladies se limitent spontanément; Cependant, des preuves récentes suggèrent que ces virus sont également associés aux symptômes des voies respiratoires inférieures et aux maladies prolongées chez les sujets à risque de complications En effet, les HCoV ont été récupérés dans les voies respiratoires inférieures des patients atteints de pneumonie, jeunes enfants et immunodéprimés. Cependant, la plupart des études évaluant l’impact clinique d’une infection à coronavirus ont été limitées par leur conception rétrospective ou par la population étudiée. Une autre limitation inattendue a été le nombre de HCoV analysés Jusqu’à récemment, seul HCoV E et HCoV OC étaient connus pour infecter les humains; Cependant, depuis l’identification du coronavirus associé au SRAS, non identifié dans cette étude, de nouveaux coronavirus ont été identifiés: HCoV NL a été identifié dans , et HCoV HKU a été identifié dans Plusieurs études de différentes parties de le monde a maintenant établi que HCoV NL peut être récupéré à partir d’un nombre substantiel d’échantillons respiratoires, principalement à partir d’échantillons d’enfants présentant des symptômes respiratoires et, moins fréquemment, d’échantillons d’adultes présentant des symptômes respiratoires HCoV HKU a été identifié dans un spécimen prélevé chez un homme âgé atteint de pneumonie à Hong Kong Des études récentes suggèrent que ce virus pourrait être distribué dans le monde , bien que le nombre de cas d’infection signalés reste très limité. tous les HCoV en tant que causes d’infection chez les patients adultes hospitalisés et pour décrire les caractéristiques cliniques associées et la p complications respiratoires otential Dans la présente étude prospective, nous avons d’abord systématiquement analysé la présence de tous les HCoV chez les patients qui ont nécessité un lavage broncho-alvéolaire BAL pour un événement respiratoire aigu, puis analysé les conditions cliniques associées et le résultat de l’infection

Méthodes

n est suspecté ou après un traitement antirejet; Ainsi, les receveurs de greffe pulmonaire pouvaient subir plusieurs BAL pendant la période de suivi. Les patients étaient considérés comme étant immunodéprimés lorsqu’ils recevaient un traitement antirejet, recevaient une chimiothérapie indépendamment de la neutropénie, recevaient des stéroïdes ⩾ mg par jour pendant au moins une semaine avant le traitement. la procédure BAL, ou ont été infectés par le VIH avec un nombre de cellules CD & lt; des échantillons de liquide de cellules / mmBAL de tous les patients ont été criblés par RT-PCR pour la présence des coronavirus connus pour infecter les humains HCoV OC, HCoV E, HCoV NL et HCoV HKU, ainsi que d’autres virus respiratoires virus influenza A et B; les virus respiratoires syncytiaux A et B; les virus parainfluenza humains,, et; le rhinovirus humain; l’enterovirus; et métapneumovirus humain La présence de Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae et Legionella pneumophila a également été déterminée par PCRShortly avant que la procédure BAL ait été réalisée, un formulaire de rapport de cas de base a été rempli par un médecin qui a été aveuglé aux résultats des tests microbiologiques. , la présence de fièvre, le type et la durée des symptômes respiratoires, la réponse à tout traitement antimicrobien et / ou antiviral, les raisons de la procédure BAL, et le diagnostic présumé déterminé sur la base des preuves disponibles au moment trois jours après la procédure BAL, un formulaire de rapport de suivi a été rempli pour évaluer l’évolution des symptômes, la réponse au traitement, les nouveaux résultats de radiographie thoracique si disponibles et les résultats des tests microbiologiques. Un suivi a été effectué pour évaluer le résultat et le diagnostic final et enregistrer les données. tests microbiologiques complémentaires et / ou examens pathologiques, si disponibles ncluded dans cette analyse particulière d’infection coronavirus, nous avons également effectué une revue supplémentaire de tous les dossiers médicaux disponibles pour recueillir des informations supplémentaires sur la description, l’évolution et la cause des symptômes cliniquesBAL a été réalisée conformément au protocole standardisé: – mL de solution saline stérile ont été instillés – fois dans l’arbre bronchique distal, soit sur le site radiographique de l’anomalie thoracique ou dans le lobe médian. Tous les échantillons de liquide de BAL ont d’abord été regroupés puis séparés en aliquotes et traités de manière similaire pour analyse ultérieure. La rhodamine et la coloration de Giemsa ont été réalisées pour l’identification directe des bactéries, mycobactéries, champignons et parasites, respectivement. Les cultures pour l’identification bactérienne ont été inoculées dans des conditions aérobies standard sur différents milieux, ainsi que sur des milieux spécifiques pour la détection des mycobactéries. Infections bactériennes pulmonaires ion a été considéré comme prouvé lorsque la culture quantitative pour une bactérie donnée a donné & gt; unités formant des colonies par ml d’échantillon, en association avec des symptômes cliniques et radiologiques; si ces conditions n’étaient pas remplies, la culture était considérée comme indiquant une colonisation. Des échantillons de liquide BAL ont été inoculés sur différentes lignées cellulaires pour la détection virale des fibroblastes embryonnaires humains et des cellules A, MDCK et LLC-MK. Une aliquote a été immédiatement congelée à – ° C et utilisée pour tests RT-PCR et PCR en temps réel Des tests RT-PCR TaqMan en temps réel pour la détection des virus influenza A et B, des virus respiratoires syncytiaux A et B, des virus parainfluenza humains et des rhinovirus humains, des entérovirus et des métapneumovirus humains ont été réalisés. décrit ailleurs En bref, l’ARN a été extrait de μL de chaque kit de préparation d’échantillons d’amplicons VHC pour échantillon liquide BAL; Roche Diagnostics, et rétrotranscription a été réalisée en utilisant la Transcriptase SuperscriptTM II RNase H-Inverse Invitrogen Life Technologies et l’amorce aléatoire pdN Roche Diagnostics GmbH Amplification et détection ont été réalisées en utilisant un ABI Prism HT Applied Biosystems Toutes les différentes étapes de l’extraction et rétrotranscription ont été menée en parallèle avec un surnageant positif connu de cellules infectées par le rhinovirus humain et des témoins négatifs appropriés. Les amorces directes, amorces inverses et sondes utilisées pour la détection des coronavirus sont décrites ailleurs Nous avons complété l’analyse par RT-PCR ciblant HCoV HKU utilisant des conditions de PCR similaires En tant que contrôle pour ce test, nous avons utilisé un produit PCR de paire-base GenBank numéro d’accession AY L’amorce avant était ‘-GAA TTT TGT TGT TCA CAT GGT GAT AGA-‘, l’amorce inverse utilisée était ‘-GCA La sonde a été ‘-FAM ATC GCC TTG CGA ATG AAT GTG CTC TAMRA-‘ Validation des expériences utilisant le produit de PCR mentionné ci-dessus comme cible de PCR ont montré que la sensibilité analytique de notre test de PCR était & lt; copies / μLette étude a été approuvée par les comités d’éthique des Hôpitaux Universitaires de Genève Genève, Suisse et l’Hôpital Universitaire de Lausanne Lausanne, Suisse Des formulaires de consentement signés et éclairés ont été obtenus auprès de tous les participants

Résultats

Au cours d’une période de un mois, nous avons analysé des échantillons de liquide de BAL obtenus de patients qui ont été inscrits dans la durée médiane d’inscription de l’étude, mois; L’âge moyen était des années, et les patients% étaient des hommes Parmi tous les échantillons de liquide de BAL examinés,% provenaient de transplantés pulmonaires,% de patients traités avec un traitement immunosuppresseur,% de patients infectés par le VIH et% de patients ayant d’autres affections immunosuppressives HCoV a été identifié en% des échantillons de liquide de BAL, tandis que% des échantillons de liquide de BAL ayant des résultats négatifs pour HCoV ont eu des résultats positifs pour d’autres virus respiratoires. virus respiratoire Parmi les spécimens positifs pour HCoV, HCoV OC était l’espèce la plus fréquemment isolée [%] des spécimens, suivie par E [%] des spécimens, NL [%] des spécimens, et HKU [%] des spécimens. les patients à partir desquels les échantillons positifs au VHC ont été obtenus étaient des années, des années et des% d’hommes. La transplantation était la condition sous-jacente la plus fréquente; les patients% étaient des receveurs de greffe pulmonaire, et% d’entre eux recevaient également une greffe du foie. Seuls% des patients n’étaient pas considérés comme immunodéprimés. D’autres caractéristiques de base et comorbidités sont décrites dans le tableau BAL pour seulement% des patients ambulatoires; tous les autres [%] ont été hospitalisés pour une durée médiane de plusieurs jours, – jours Au moment de la procédure,% des patients avaient reçu un traitement antibiotique Neuf% des patients étaient hospitalisés dans l’unité de soins intensifs au moment du BAL procédure de ceux-ci, recevaient une ventilation mécanique Les raisons menant à l’exécution de la procédure BAL sont données dans le tableau

Table View largeTélécharger slideBaseline caractéristiques et comorbidités des patients atteints d’infection à VHC de coronavirus humainTable View largeTélécharger slideBaseline caractéristiques et comorbidités des patients infectés par le coronavirus humain HCoV

Tableau View largeTélécharger la lameCondition et / ou le diagnostic présumé conduisant à un lavage broncho-alvéolaire chez les patients infectés par un coronavirus humainTable View largeTélécharger la condition et / ou le diagnostic présumé conduisant à un lavage broncho-alvéolaire chez les patients infectés par un coronavirus humainAu moment du BAL, Des symptômes et / ou de nouvelles anomalies thoraciques visibles à la radiographie étaient présents chez tous les patients infectés par le VHC Parmi les patients,% présentaient des symptômes respiratoires aigus,% présentaient de la toux et / ou des expectorations et% présentaient une dyspnée. documenté chez les patients% Anomalies incluses infiltrats interstitiels patients [%], infiltrats alvéolaires ou localisés [%], épanchements pleuraux [%], et pneumothorax [%] La numération cellulaire moyenne dans les échantillons de liquide BAL était × cellules / ml gamme, – × cellules / mL, avec% gamme de neutrophiles,% -% et% gamme de lymphocytes,% -% Seize pa Les patients recevant déjà un traitement pour une infection respiratoire au moment du BAL et chez les patients%, l’antibiothérapie a été modifiée pendant la période de suivi Chez les autres patients%, un traitement antibiotique a été instauré immédiatement après le BAL. infection aiguë des voies respiratoires inférieures à la table de sortie de l’hôpital

Diagnostic final reçu par les patients infectés par un coronavirus humainDans les patients%, les résultats des tests microbiologiques des échantillons BAL étaient négatifs pour les bactéries typiques testées par culture standard et les bactéries atypiques testées par PCR, ainsi que pour d’autres virus respiratoires et herpèsvirus Il est à noter que% de ces patients recevaient un traitement antibiotique au moment où ils fournissaient des échantillons de liquide de BALDans les autres patients%, les résultats de tests microbiologiques étaient positifs pour les bactéries typiques ou atypiques. ou herpesvirus, et% de ces patients recevaient un traitement antibiotique OU; % CI, – Une bactérie susceptible d’être une cause d’infection a été isolée à partir d’échantillons prélevés chez des patients, et les patients ont reçu un diagnostic de pneumonie à Pneumocystis jirovecii. Le virus Herpes simplex et le cytomégalovirus ont été isolés des échantillons du patient des symptômes respiratoires Le dépistage d’autres virus respiratoires a eu des résultats positifs chez les patients, dont le co-infecté par le rhinovirus humain et dont la co-infection par le virus respiratoire syncytial était la moitié de la patiente, le résultat du jour n’était pas disponible. Le taux global de mortalité au jour était% décès Deux patients avec la maladie pulmonaire chronique fibrose pulmonaire et le cancer du poumon sont morts de l’insuffisance respiratoire sur les jours et, respectivement, et le patient est mort d’une insuffisance cardiaque Le premier jour, l’un de ces patients était infecté par HCoV E et infecté par HCoV OCWe. la possibilité d’analyser des échantillons de liquide de BAL obtenus à partir de% des patients infectés par HCoV dont des receveurs de greffe de poumon après que les patients avaient une infection à HCoV médiane des échantillons de liquide de BAL par patient; Les tests de dépistage de tous les coronavirus ont eu des résultats négatifs dans tous les cas sauf chez les patients Ce patient avait une infection par le VIH Nombre de cellules CD, cellules / mm et pneumonie à P jirovecii avec anomalies persistantes visibles sur les radiographies thoraciques, malgré des semaines de traitement avec sulfamethoxazole Résultats des cultures d’échantillons liquides de BAL obtenus après semaines étaient encore positifs pour HCoV OCOf les procédures BAL menées,% ont été effectuées pendant la saison froide automne et hiver, et% ont été effectuées pendant le repos de l’année La distribution saisonnière des cas d’infection par le VHC était significativement plus élevée durant les cas de saison froide [%], par rapport aux cas de l’année [%]; P =

Discussion

Nous avons constaté que, chez un nombre important de nos patients, HCoV jouait un rôle dans les maladies respiratoires inférieures et / ou en faisait la promotion. Les coronavirus ont été associés à des complications des voies respiratoires inférieures, mais ces complications touchent surtout les enfants. analysé prospectivement un grand nombre de patients adultes ou analysé tous les HCoV comme causes d’infection chez les patients à haut risque de complications. Une étude réalisée rétrospectivement et impliquant des receveurs de greffe de moelle osseuse n’a pas permis de détecter HCoV dans des échantillons de liquide de BAL stockés. Nos résultats pourraient s’expliquer par plusieurs facteurs. Nos patients ont été sélectionnés uniquement sur la base du besoin de BAL – non sur la base de critères cliniques prédéfinis dh. Nous ne nous sommes pas concentrés sur des sous-groupes sélectionnés de patients, les saisons hivernales étaient couvertes et sensibles, réelles. Des tests de RT-PCR ciblant les HCoV ont été réalisés. La conception prospective de notre investigation a donc évité l’une des limites observées dans les études rétrospectives et donne une estimation de l’impact des coronavirus chez les patients hospitalisés avec des conditions chroniques et / ou immunosuppressives graves. Depuis que les premiers cas bien définis d’infection à VHC ont été documentés, l’incidence de l’infection les rôles respectifs de HCoV NL et HCoV HKU parmi une population adulte n’ont pas été évalués de manière systématique HCoV NL et des virus similaires , comme causes de maladies respiratoires, ont été étudiés principalement dans des séries rétrospectives ou dans des analyses de spécimens stockés collectés Chez les enfants Dans ces grandes séries, la prévalence de l’infection à HCoV NL variait de% à% [,,,, -] Une des plus grandes études a rétrospectivement testé les aspirations nasopharyngées dans une population pédiatrique hospitalisée souffrant d’une maladie respiratoire aiguë et enfants trouvés infectés par HCoV NL La plupart de ces enfants présentaient des symptômes des voies respiratoires inférieures nécessitant une hospitalisation Une autre étude des échantillons d’enfants présentant des symptômes d’infection des voies respiratoires inférieures et / ou supérieures ont identifié des échantillons positifs pour HCoV New Haven proche de NL La plupart des enfants ont présenté des infiltrats visibles sur les radiographies thoraciques, et un nombre important de ces enfants ont été hospitalisés état critique Ensemble, ces données suggèrent fortement une association entre HCoV NL et les maladies des voies respiratoires inférieures chez les enfants. Depuis sa première description chez un homme âgé atteint de pneumonie , d’autres cas d’infection dus au HCoV HKU ont été rapportés parmi une population re-dépistée , et des cas ont été diagnostiqués en criblant des échantillons respiratoires envoyés pour analyse virale Dans une autre étude, menée par Woo et al lors de l’épidémie de SRAS à Hong Kong, des aspirats rhinopharyngés ont été prélevés chez des patients atteints de pneumonie communautaire tous avaient des anomalies visibles sur les radiographies thoraciques qui ont ensuite été examinés pour HKU Woo et coll La revue des dossiers médicaux des patients a montré que la moitié environ des patients avaient une maladie pulmonaire chronique. Une hospitalisation était requise pour la plupart des patients, et les patients sont décédés. Nos résultats sont en accord avec ceux de ces précédents. enquêtes; nous démontrons que HCoV NL et HKU peuvent également être détectés dans les échantillons des voies respiratoires inférieures obtenues des adultes et de comparer leurs rôles respectifs dans la maladie. Pendant les saisons où notre étude a été menée, NL et HKU ont été moins fréquemment identifiés que les classiques. Espèces OC et E, mais elles ont néanmoins significativement contribué au spectre global des maladies associées aux coronavirus chez les patients adultes hospitalisésUn grand sous-groupe de patients apparus dans notre analyse sont des transplantés pulmonaires Des rapports récents concernant cette population suggèrent un lien entre infections virales des voies respiratoires et dysfonctionnement du greffon ou syndrome de bronchiolite oblitérante Cependant, dans ces études, les coronavirus n’ont pas été étudiés en raison de la nécessité de recourir à des tests PCR internes et actualisés pour la plupart des patients. / ou des symptômes respiratoires aigus d’étiologie non précisée, malgré En conclusion, dans la présente étude prospective, nous fournissons une analyse complète de l’impact potentiel de tous les HCoV comme causes d’infection chez les patients hospitalisés. , les coronavirus ont été retrouvés en% de tous les échantillons de liquide analysés et l’infection par HCoV a été observée le plus souvent chez les patients à haut risque de complications respiratoires, y compris les transplantés pulmonaires. Les espèces récemment découvertes HCoV NL et HCoV HKU ont contribué significativement au spectre de HCoV- maladie associée dans notre étude

Remerciements

Nous remercions L van der Hoek du département de rétrovirologie humaine, Université d’Amsterdam Amsterdam, Pays-Bas, et KY Yuen du Département de microbiologie de l’Université de Hong Kong Hong Kong, République populaire de Chine, pour avoir fourni les matériaux nécessaires à l’établissement du PCR. essais Nous remercions également Sabine Nobs et Delphine Garcia pour leur excellente assistance technique. Soutien financier Subvention de la Fondation nationale suisse – aux conflits d’intérêts de LKPotential Tous les auteurs: no conflicts