Le test Xpert MTB / RIF raccourcit l’isolation aéroportée chez les patients hospitalisés atteints de tuberculose présomptive aux États-Unis

Contexte Aux États-Unis, les personnes atteintes de tuberculose pulmonaire présomptive sont placées dans un isolement d’infection aéroporté AII et évaluées par microscopie de frottis sur des échantillons respiratoires recueillis – à des intervalles de temps Xpert MTB / RIF Xpert on, ou des échantillons peuvent être plus efficaces pour déterminer l’interruption de l’AII. Microscopie des frottis et Xpert ont été réalisées sur chaque échantillon d’expectoration Les cliniciens ont été aveuglés aux résultats de Xpert Le critère principal était la durée de l’AII Les critères d’évaluation secondaires étaient des résultats de laboratoire Temps de traitement, détection de la tuberculose basée sur la stratégie, sensibilité et spécificitéRésultats Parmi les sujets, la durée médiane de l’AII était l’intervalle interquartile en heures [IQR], – pour la microscopie des frottis comparée aux heures IQR, – pour l’échantillon Xpert, -specimen Xpert, et heures IQR, – pour les stratégies Xpert -specimen P ≤ Le temps médian de traitement en laboratoire pour la microscopie des frottis a été aussi long que Xpert P & lt; Les stratégies Xpert et microscopie des frottis ont capturé tous les cas de tuberculose. La stratégie Xpert -specimen Xpert cas manqué Aucune différence n’a été observée entre la microscopie des frottis et Xpert en sensibilité ou spécificité pour la détection de Mycobacterium tuberculosisConclusions Les stratégies basées sur Xpert ont significativement réduit la durée de l’AII. stratégie basée sur le frottis La stratégie -specimen Xpert a été la plus efficace pour minimiser le temps alloué à l’AII tout en identifiant tous les cas de tuberculose parmi les individus atteints de tuberculose présumée dans ce contexte de faible charge

Xpert, tuberculose, contrôle des infections, États-UnisLa tuberculose continue d’être un problème de santé publique important aux États-Unis Après plusieurs épidémies de tuberculose liées aux soins de santé, les CDC ont fixé un objectif d’élimination de la tuberculose aux États-Unis. , défini comme & lt; cas par million d’habitants Malgré une baisse de l’incidence au cours des dernières années, la tuberculose n’a pas été éliminée aux États-Unis; Les recommandations actuelles des CDC pour la prévention de la transmission de Mycobacterium tuberculosis dans le milieu de la santé recommandent une hiérarchie de niveau des mesures de contrôle: des contrôles administratifs visant à réduire l’exposition aux individus atteints de tuberculose pulmonaire présomptive; les contrôles environnementaux en plaçant les individus atteints de tuberculose présumée dans l’isolement des infections aéroportées AII, idéalement en utilisant des chambres de ventilation à pression négative à un seul patient; Les patients doivent produire des échantillons respiratoires à des heures d’intervalle, avec au moins un spécimen au début de la matinée, pour la microscopie des frottis pour les bacilles acido-alcoolo-résistants et la culture de tuberculose M La microscopie des frottis a été La microscopie des frottis est relativement peu sensible au diagnostic de la tuberculose active , en particulier chez les personnes infectées par le virus de l’immunodéficience humaine VIH La transformation des échantillons est une activité à forte intensité de main-d’œuvre Le test Xpert MTB / RIF Xpert, Cepheid, Sunnyvale, Californie, un test automatisé et rapide d’amplification de l’acide nucléique NAAT approuvé par le World Health Organisation en et autorisé pour la commercialisation par la Food and Drug Administration des États-Unis dans , peut expedi Notre objectif était de déterminer si la mise en œuvre de Xpert en tant que test diagnostique de première intention sur des échantillons de tuberculose, ou des échantillons, réduisait la durée de l’AII tout en identifiant de manière optimale les cas de tuberculose comparés à ceux de la tuberculose. avec la stratégie de microscopie magnétique

Méthodes

Cadre d’étude

L’UNC Hospitals de l’Université de Caroline du Nord est un centre médical tertiaire fournissant des soins aux patients atteints de tuberculose présomptive chaque année, dont une tuberculose pulmonaire est diagnostiquée en moyenne. Dans les hôpitaux de l’UNC, les personnes atteintes de tuberculose présomptive doivent être placées dans En plus de la microscopie de frottis et de la culture, Xpert a été réalisé sur des échantillons d’expectoration. Comme Xpert a été approuvé pour la recherche uniquement aux États-Unis au moment de l’étude, seuls les résultats de microscopie des frottis ont été communiqués aux médecins.

Population étudiée

De mars à juillet, nous avons inclus des adultes hospitalisés consécutifs âgés de ≥ ans pour lesquels au moins un échantillon d’expectoration avait été soumis à la bactériologie et à la culture des frottis AFB. Les sujets non atteints de tuberculose pulmonaire présumée ont été exclus de l’analyse. inscrits en raison de leurs taux élevés de mycobactéries non tuberculeuses NTM et de faibles taux de M tuberculose

Méthodes de laboratoire

Les laboratoires cliniques UNC McLendon ont effectué tous les tests de laboratoire Lorsque le volume d’échantillon respiratoire était ≥ mL, mL de l’échantillon non traité a été retiré pour les cartouches d’essai Xpert et le reste de l’échantillon ≥ mL a été traité pour la microscopie et la culture le volume était & lt; mL, mL de solution saline stérile a été ajouté avant d’extraire le mL pour le test Xpert de l’étude; le reste & gt; Le lavage broncho-alvéolaire et les prélèvements trachéaux ont été traités pour la microscopie des frottis et la culture, mais pas pour Xpert en raison des limitations dans les ressources nécessaires pour l’identification prospective des spécimens uniquement des patients hospitalisés pour tuberculose présumée. La microscopie des frottis a été réalisée à l’auramine. Fluorure de rhodamine une fois par jour, du lundi au vendredi Les lots de traitement pour la microscopie des frottis et la culture étaient des échantillons reçus en laboratoire par semaine en semaine. Système de culture liquide BACTEC MGIT, Becton Dickinson, Sparks, Maryland Milieu Lowenstein-Jensen, Remel, Lenexa, Kansas a été surveillé chaque semaine pendant des semaines Pour simuler la mise en œuvre future de Xpert à des fins cliniques dans les hôpitaux UNC, Xpert a été réalisée selon les instructions du fabricant deux fois par jour directement sur les échantillons d’expectorations. Althou On s’attend à ce que Xpert puisse être effectué régulièrement le week-end, ce qui n’était pas possible en raison des contraintes liées aux ressources de l’étude. Les résultats Xpert M tuberculosis non valides ont été répétés une fois.

Collecte de données

Les données ont été collectées à partir du système d’information du laboratoire des hôpitaux de l’UNC et de la base de données des dossiers médicaux électroniques, et des enregistrements électroniques du dispositif Xpert.

AII Définitions de stratégie

Nous avons examiné les stratégies de cessation AII: la stratégie basée sur la microscopie des frottis, et les stratégies Xpert nécessitant, ou les résultats Xpert pour l’interruption AII. La durée AII pour chaque stratégie a été déterminée à partir des données disponibles. Lorsque le premier échantillon a été prélevé dans une clinique externe ou à l’urgence avant l’admission, le temps d’initiation de l’AII a été défini comme une minute avant le début du laboratoire. Le temps de réception des échantillons a été défini comme l’heure d’arrivée des échantillons enregistrée au laboratoire. Les temps de réception des échantillons ont été enregistrés pour tous les échantillons collectés avec succès. Pour les inductions d’expectorations échouées, le temps d’induction des expectorations a été utilisé comme spécimen. rejeté par le laboratoire avant le traitement étaient ex Le temps de résultat de la microscopie était enregistré électroniquement. Le temps de résultat Xpert était capturé à partir de la sortie du logiciel Xpert. Si un résultat Xpert était initialement invalide, le temps de répétition était utilisé. Les temps de résultat Xpert n’étaient pas disponibles. Dans ces cas, le temps de résultat Xpert manquant pour les échantillons reçus un jour de semaine avant min ou entre am et pm a été remplacé par le temps de résultat médian Xpert le matin ou l’après-midi en semaine. observés dans l’étude Pour simuler la mise en œuvre de Xpert le week-end suivant, un temps de résultat Xpert a été utilisé pour tous les spécimens reçus entre pm le vendredi et pm le dimanche, reflétant le traitement quotidien du week-end à pm et un laboratoire médian Xpert Comme observé dans l’étude, le temps de traitement en laboratoire a été défini comme la différence Le délai d’abandon de l’AII pour la stratégie à base de frottis a été défini comme étant le résultat du microscopie des frottis pour le troisième spécimen hépatite b. Une induction échouée des expectorations a été considérée comme une tentative de collecte d’échantillons parce qu’elle est Lorsque le temps d’un résultat de microscopie de frottis n’était pas disponible pour le troisième échantillon, l’ordre de discontinuation de l’AII était utilisé. Lorsque l’ordre d’abandon de l’IAA n’était pas disponible, l’horodatage de la note d’évolution du clinicien Le délai d’abandon de l’AII pour les stratégies basées sur Xpert n’a pas pu être respecté, car toutes les décisions de l’AII reposaient uniquement sur: microscopie des frottis et résultats Xpert n’ont pas été communiqués aux médecins AII di le temps d’arrêt pour les stratégies Xpert de -, -, et -specimen a été estimé comme le temps écoulé entre l’initiation de l’AII et le résultat Xpert pour le premier, le deuxième et le troisième échantillon, respectivement. ; La durée de l’AII était définie comme la différence entre les durées d’initiation et d’interruption de l’AII pour les stratégies AII: microscopie des frottis, et Xpert sur, et les échantillons. Les sujets diagnostiqués avec la tuberculose ont été exclus de l’AII. analyses comme ils sont restés dans AII après le diagnostic de la tuberculose

Analyses statistiques

Des statistiques descriptives standard ont été utilisées pour caractériser la cohorte Sensibilité et spécificité et leurs intervalles de confiance en% de la microscopie des frottis et Xpert pour la détection de M tuberculosis ont été calculés en utilisant la croissance de M tuberculosis en culture liquide ou solide comme norme de référence Les cultures contaminées et les résultats Xpert Les temps de traitement en laboratoire ont été calculés en utilisant les courbes de Kaplan-Meier. Le temps de traitement en laboratoire a été calculé pour chaque test de frottis et Xpert effectué et comparé visuellement en utilisant les courbes de Kaplan-Meier et statistiquement par le test du log-rank Enfin, nous avons comparé la durée AII des stratégies de sevrage AII à base de smear et de AII basées sur Xpert en construisant des courbes de Kaplan-Meier et par le test log-rank StataCorp , College Station, Texas

Déclaration d’éthique

Le consentement éclairé écrit a été annulé parce que le consentement aux pratiques de confidentialité, qui est signé par les patients lors de l’admission, couvre les procédures d’étude et décrit l’utilisation et la divulgation des informations de santé à des fins de recherche. minime, car des procédures de laboratoire et d’hospitalisation de routine ont été effectuées

RÉSULTATS

Population étudiée

Entre Mars et Juillet, les sujets hospitalisés ont au moins des échantillons d’expectorations soumis à la microscopie des frottis Trente-neuf sujets ont été exclus en raison de l’absence de préoccupation pour la tuberculose pulmonaire dans le dossier médical NTM ont été récupérés sur les sujets exclus; aucun spécimen n’a grandi M tuberculosis Parmi les sujets inclus dans l’analyse, les patients ont été hospitalisés et éligibles deux fois au cours de la période d’étude; chacun a été compté comme sujet dans les analyses. Aucun sujet n’est décédé dans l’ITA. L’âge médian des sujets était les années, et le% étaient des femmes; environ un quart étaient infectés par le VIH,% étaient afro-américains,% étaient blancs, et% étaient hispaniques. La majorité d’entre eux présentaient une toux, qui était le symptôme prédominant de tuberculose, et% présentaient une radiographie pulmonaire compatible avec une tuberculose pulmonaire active. , Caractéristiques cliniques et de gestion n = Caractéristique Non% Âge à l’enrôlement, y, médiane IQR – Sexe Féminin Mâle Race / ethnicité Afro-Américain Blanc Hispanique Asiatique Autre statut VIH Négatif Positif Inconnu Symptômes Fièvre Frissons Sueurs Perte de poids Dyspnée Toux Hémoptysie productive Imagerie radiographique Poitrine radiographie compatible avec TBa Chest CT compatible avec TBa Test de dépistage de la tuberculose latente réalisé TSTb IGRAb Aucun test de TB latente Caractéristique Non% Âge à l’inscription, y, médiane IQR – Sexe Féminin Race / origine ethnique Afro-Américain Blanc Hispanique Asiatique Autre statut VIH Négatif Positif Inconnu Symptômes Fièvre Frissons Sueurs Perte de poids Dyspnée Toux Hémoptysie productive Imagerie radiographique Chirurgie thoracique compatible avec TBa Chest CT compatible avec TBa Tester la tuberculose latente TSTb IGRAb Aucun test de TB latente Abréviations : CT, tomodensitométrie; VIH, virus de l’immunodéficience humaine; TLIG, essai de libération d’interféron-y; IQR, intervalle interquartile; Tuberculose, tuberculose; TST, test cutané à la tuberculine Deux cent trois sujets ont eu une radiographie thoracique et une tomodensitométrie thoracique, respectivement. Six sujets ont subi une TST et une IGRA.

Spécimens respiratoires

Un total de spécimens respiratoires ont été collectés avec succès chez les sujets de l’étude: expectorations induites ou expectorées, BAL, et aspira- tions trachéales. La plupart des sujets n = [%] avaient collecté avec succès des spécimens avant la décharge AII, sujets% spécimens et Des spécimens ont été traités pour la microscopie des frottis et la culture Xpert a été réalisée sur le% des échantillons d’expectoration. En outre, les temps d’induction des expectorations ont été documentés et les échantillons rejetés en laboratoire en raison d’une quantité insuffisante et d’un étiquetage inexact.

Diagnostic microbiologique

Parmi les sujets inclus dans l’analyse,% ont été diagnostiqués avec tuberculose active basée sur ou plus de cultures positives pour M tuberculose Tableau Dans tous, frottis et Xpert étaient positifs sur ou plus spécimens respiratoires Xpert catégorisé correctement résistance à la rifampicine sur les isolats M tuberculosis de tous les sujets – sans mutation de résistance détectée, et avec résistance à la rifampicine détectée. Un sujet ayant des antécédents de traitement pour tuberculose pulmonaire des mois avant hospitalisation avait des résultats Xpert positifs mais frottis et culture négatifs Un autre sujet présentait des résultats positifs au frottis mais négatifs à Xpert et culture La proportion d’échantillons avec un résultat de Xpert M tuberculosis initial invalide était de% /, avec une répétition non valide de la culture Xpert une contamination s’est produite dans <% / des échantillons NTM ont été récupérés à partir des échantillons chez les sujets Tous étaient négatifs Xpert; frottis positif, frottis Xpert MTB / RIF Assay n = sujet non spécimen frottis microscopie Xpert Culture SSS tuberculose tuberculose SSS tuberculose TB SS - - NTM NTM SSS - - - TB TB FFS FF - FF FF - a SSS - - TB - TB b SSB I TB TB TB b BSS I N - - NTM NTM NTM SSS - - - - - NTM NTM NTM SS - - TB TB TS - N - - - Sujet Non Spécimen Microscopie des frottis Culture Xpert SSS TB TB TB SSS TB TB TB SS - NTM NTM SSS - - - TB TB FFS FF - FF FF - a SSS - - TB - TB b SSB I TB TB TB b BSS I N - NTM NTM NTM SSS NTM NTM NTM SS TB TB TS N - Abréviations ons:, résultat positif; -, résultat négatif; B, échantillon de lavage broncho-alvéolaire non testé pour Xpert; F, échec de l'induction des expectorations non effectué pour la microscopie des frottis, Xpert ou culture; I, résultat indéterminé; N, non effectué; NTM, mycobactéries non tuberculeuses; S, échantillon d'expectoration induit ou expectoré; T, l'échantillon d'aspiration trachéale n'est pas testé pour Xpert; TB, Mycobacterium tuberculosis; Xpert, Xpert MTB / RIF assaya Le sujet a démontré une résistance à la rifampicine sur Xpert et a ensuite été diagnostiqué avec une tuberculose multirésistante basée sur la cultureb Un résultat de microscopie de frottis indéterminé indique - bacilles acido-résistants par champ Le protocole de laboratoire considère ce résultat comme non négatif et suggère la répétition

Sensibilité et spécificité

En utilisant le nombre total de spécimens soumis, la sensibilité de la microscopie des frottis pour la détection de M tuberculosis n = était%% CI,% -% et la spécificité était%% CI,% -% Pour Xpert, la sensibilité n = était%% CI, % -% et la spécificité était%% CI,% -%

Prélèvement d’échantillons et traitement de laboratoire

Le temps médian entre l’initiation de l’AII et l’arrivée du spécimen au laboratoire était de: heures interquartiles [IQR], – pour le premier spécimen, heures IQR, – pour le deuxième, et heures IQR, – pour le troisième. à l’admission en% de sujets Figure Vue largeTéléchargement de la courbeKaplan-Meier montrant l’heure de l’isolement de l’infection aéroportée à la réception du premier n =, deuxième n = et troisième n = échantillons respiratoires Les inductions de crachats échouées ont été utilisées pour déterminer l’ordre de prélèvement Induction des crachats échoués a fourni des données de temps à cette courbe de Kaplan-Meier seulement lorsque le temps d’induction était disponible n = Abréviation: IQR, interquartile rangeFigure Voir grandTélécharger slideKaplan-Meier courbe montrant le temps de l’infection aéroportée isolement d’isolement à la réception du laboratoire de la premier n =, deuxième n = et troisième n = échantillons respiratoires Incapables inductions d’expectoration ont été utilisés pour déterminer l’ordre de l’échantillon indépendamment du fait qu’un temps d’induction était disponible. Les inductations d’expectorations échouées ont fourni des données de temps à cette courbe de Kaplan-Meier seulement lorsque le temps d’induction était disponible. aussi longtemps que Xpert heures [IQR, -] vs heures [IQR, -]; test de log-rank P & lt; ; Figure A – rupture de stock de cartouches Xpert au cours de l’étude, affectant des spécimens de sujets La durée médiane de traitement en laboratoire de Xpert pour ces échantillons était de plusieurs heures. Figure Vue largeTélécharger la courbe de Kaplan-Meier comparant le test Xpert MTB / RIF et le microscopie Courbe de Kaplan-Meier comparant le test Xpert MTB / RIF et le temps de traitement en laboratoire de la microscopie des frottis pour les échantillons respiratoires collectés avec succès n = Abréviation: IQR, plage interquartile

AII Durée

Lors de l’utilisation de la microscopie des frottis pour la décision de cessation AII, la durée médiane AII chez les personnes hospitalisées pour tuberculose pulmonaire présumée, mais non diagnostiqué avec la tuberculose active était heures IQR, – La durée médiane AII pour les stratégies de cessation Xpert AII était heures IQR, – pour un Stratégie Xpert n =, heures IQR, – pour une stratégie -spécimen n =, et heures IQR, – pour une stratégie -spécimen n = Figure La médiane AII durée était plus longue en utilisant la stratégie basée sur le frottis pour la prise de décision par rapport à l’un des les stratégies Xpert tous les tests log-rank P ≤ Figure Voir grandTélécharger le slideCourbe de Kaplan-Meier comparant la durée d’isolement de l’infection aéroportée pour les stratégies de test Xpert MTB / RIF sur spécimen n =, spécimens n =, et spécimens n = à la stratégie microscopie n = Abréviation: IQR, interquartile rangeFigure Voir grandTélécharger slideCourbe de Kaplan-Meier comparant la durée d’isolement d’une infection aéroportée pour l’Xp ert Stratégies d’essai MTB / RIF sur l’échantillon n =, échantillons n =, et échantillons n = à la stratégie basée sur la microscopie des frottis n = Abréviation: IQR, intervalle interquartile

DISCUSSION

Les prélèvements d’expectoration doivent être recueillis à des heures d’intervalle et testés par microscopie des frottis, un TAAN, y compris Xpert, ou une combinaison de ces stratégies . Nos données répondent directement à ces considérations en démontrant que les spécimens ne peuvent pas être prélevés. Bien que la microscopie des frottis était redondante pour la prise de décision AII, elle reste nécessaire pour la détection des MNT En outre, la culture des BAAR continue d’être critique pour les tests de sensibilité aux médicaments et la surveillance de la santé publiqueSeulement une autre étude Sur la base d’une analyse rétrospective de cohortes de patients atteints de tuberculose pulmonaire présumée en Géorgie, à Hawaii, au Maryland et au Massachusetts, Marks et al ont démontré que l’utilisation de la MTD amplifiée NAAT Gen-Probe, San Diego, Californie décreas durée d’isolement respiratoire pour les patients avec des échantillons à frottis positif / NAAT négatif / culture négative Notre étude prospective étend ces résultats au test Xpert, le TAAN le plus commun pour le diagnostic rapide de la tuberculose, avec & gt; En dépit de l’importance primordiale de l’AII pour la prévention de la transmission de la tuberculose par les soins de santé, la réduction du temps d’infection tous azimuts est un critère d’évaluation secondaire bénéfique pour la tuberculose pulmonaire présumée. Les salles de classe IIII sont une ressource rare dans de nombreuses institutions, et l’utilisation efficace de l’offre disponible par un renouvellement rapide est critique Une occupation prolongée par AII entraîne des coûts de santé institutionnels accrus par la consommation de ressources associées à l’AII, Peut-être le plus important, bien que la relation reste incertaine , les données suggèrent que les patients hospitalisés isolés peuvent éprouver plus d’événements indésirables évitables, ont moins de soins documentés, et expriment une plus grande insatisfaction avec leurs soins [- ] Bien que nous rapportons des résultats importants, notre étude a plusieurs limites Nous n’avons pas observé directement l’entrée et la cessation d’AII, mais nous les avons estimées en fonction de la saisie électronique des ordres et des résultats des tests, bien que nous puissions sous-estimer la durée de l’AII, car l’interruption AII est moins efficace que les résultats des tests. permet une comparaison objective des stratégies AII étant donné que les cliniciens étaient aveugles aux résultats de Xpert Notre étude n’a pas permis de déterminer la sensibilité et la spécificité du test Xpert pour la détection de M tuberculosis Nous n’avons trouvé aucune tuberculose à frottis négatif, ce qui est inattendu Pourcentage de tous les cas de tuberculose aux États-Unis Cependant, une étude récente au Canada décrivait une forte Xpert M spécificité de la tuberculose% mais une faible sensibilité chez les patients ambulatoires majoritairement asymptomatiques évalués pour le dépistage de l’immigration où% de cas étaient à frottis négatif. généralisable à faible charge où la tuberculose à frottis négatif est plus préva Dans notre cohorte, les échantillons étaient appropriés pour interrompre AII en utilisant soit Xpert ou la microscopie des frottis Cependant, les frottis sont recommandés aux États-Unis, avec le troisième frottis augmentant la sensibilité de% -% Études alimentées pour déterminer le rendement incrémental des échantillons avec Xpert En raison des exigences minimales de formation des opérateurs, nous avons supposé que Xpert pouvait être effectué deux fois par jour en semaine et une fois par jour pendant les week-ends. Cela peut avoir biaisé notre résultat En faveur de Xpert, les laboratoires pouvaient traiter les échantillons plus souvent que prévu dans cette étude. Nos ressources limitaient le traitement Xpert aux échantillons d’expectorations seulement; Cependant, selon les rapports publiés, nous supposions que Xpert est efficace sur des échantillons de BAL Enfin, nous avons évalué l’efficacité de Xpert mais pas son rapport coût-efficacité Choi et al ont rapporté que Xpert était rentable en conjonction avec la microscopie des frottis. aux États-Unis, mais ils n’ont pas évalué le rapport coût-efficacité de Xpert pour remplacer l’approche actuelle fondée sur la microscopie des frottis pour l’interruption de l’AII En conclusion, nous démontrons que les tests Xpert de première ligne des échantillons respiratoires des patients Parce que Xpert est maintenant autorisé à être commercialisé aux États-Unis , des études prospectives supplémentaires dans des contextes à faible charge seront importantes pour confirmer notre observation selon laquelle une stratégie Xpert -specimen Xpert minimise la durée de l’AII tout en diagnostiquant tous les cas de tuberculose chez les personnes hospitalisées avec tuberculose présumée losis

Remarques

Remerciements Les auteurs remercient David Weber pour la conception de l’étude et la préparation du manuscrit; David Murdoch pour la conception d’études; Kevin Alby pour l’assistance technique de base de données de laboratoire et d’étude; Brant Stalzer pour la conception de bases de données d’études; Andrea Biddle pour le développement de protocoles et la conception d’études; Steven Cole pour la détermination de la taille de l’échantillon; Emily Sickbert-Bennett pour l’assistance technique en épidémiologie hospitalière; et les Laboratoires Cliniques Moléculaires et Mycobactériologiques de UNC Health Care pour leurs efforts dans le traitement de tous les échantillons respiratoires dans cette étude. Soutien financier Ce travail a été soutenu par l’Institut National des Allergies et des Maladies Infectieuses [numéro de subvention T AI à CKL] et le Centre International Fogarty, l’Institut national du cancer, l’Institut national du cœur, des poumons et du sang, le NIH Bureau du directeur de la recherche sur la santé des femmes et le bureau du directeur du Bureau de la recherche sur le sida [numéro de subvention R TW à CKL] Cepheid n’a joué aucun rôle dans la conception, la conduite ou l’analyse de l’étude ni dans la décision de soumettre ce travail à la publication. Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: Aucun conflit signaléTous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels que les éditeurs jugent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués